اداره کل ستاد های علمی پژوهشی از سه مدیریت ستادی با عناوین «مدیریت ستاد پژوهشهای بنیادین»، «مدیریت ستاد پژوهشهای توسعه ای» و «مدیریت ستاد پژوهشهای کاربردی» تشکیل می شود.
اداره کل ستاد های علمی پژوهشی وظیفه ی «هماهنگ کردن پژوهش های سه گانه»، «تهیه و بسترسازی امکانات لازم برای زیر مجموعه ها»، «تهیه و تدوین برنامهها و روشهای جامع راهبردی این بخش ها» را عهده دار می باشد. ستاد های پژوهشی نیز به نوبه خود از کارگروههای علمی تقسیم می شوند.